工藤新一是全国著名的高中生侦探,在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现,击晕后喂了神奇的药水,工藤新一变回了小孩!新一找到了经常帮助他的阿笠博士,博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复,新一决定隐姓埋名,暗中追查他们,希望能得到解药。一日,新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落,被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南,随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探,新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生,他们一起组织了一个少年侦探团,向罪犯宣战!
早乙女乱马和天道道场的天道茜在父母安排下订下婚约,但是乱马有个非常特别的烦恼,他在中国受训时,不小心掉进了咒泉乡的诅咒之泉,从此之后,他的身体出现了古怪特性,只要碰到冷水就会变成女生,再碰到热水才会变回男生。超搞笑动作浪漫喜剧就此拉开序幕,且看乱马、小茜和其他性格鲜明的独特角色打打闹闹,笑料大放送!