历史车轮滚滚，碾过无数人的生命，终于进入了朱明王朝。然而酱缸般礼教并未随着历史的前进而走向文明，反而更加严苛地禁锢着人性的自由。尤其是女性，她们不仅身体受到束缚，连灵魂也被深深压抑着。美丽少女谭允贤（刘诗诗饰）祖上世代从医侍奉皇上，但因奸人陷害而遭遇灭顶之灾。历经苦难，谭家传下“永不从医”的家训。但允贤天资聪颖，而且热爱医学，在奶奶的默许下，她得以专心研习医术。在此期间，她偶然邂逅纨绔公子哥元宝，殊不知此人正是当今皇上明英宗朱祁镇（霍建华饰）。几经周转，允贤进入皇宫内院，由此也踏上一条充满凶险和挑战的从医之路。回首望去，已无归途，这位传奇女医注定要在历史上书写浓重的一笔……本片取材自真实的历史人物创作。

虽和五阿哥永琪（古巨基 饰）最终结为连理，但是小燕子（黄奕 饰）丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、尔康（周杰 饰）、紫薇（马伊俐 饰）又惹出不少乱子，更时不时假传圣旨安排晴儿（王艳 饰）和萧剑（黄晓明 饰）见面。在此过程中，小燕子渐渐弄清了自己的身世，由此对永琪和一向亲近的皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。皇太后担心永琪的子嗣问题，遂将美女知画（秦岚 饰）送到永琪身边，也使得小燕子和永琪之间产生更大的裂痕。不久，边疆发生战乱，尔康随军南下，他和紫薇也面临着生离死别的考验……