2012年2月,东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅(20岁)和V仔兽修行拉面技艺的时候,遇到了虽然拿着有裂纹的数码器,但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽,我的搭档数码兽被我杀了,我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”
沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间,人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边,发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。