C.E.75，战斗还在持续着。来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。

　　在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。                                                                    　　初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......